L’origine du seigle n’est pas toujours très claire. Il fait partie des nombreuses espèces de graminées croissant à l’état sauvage dans l’est et le centre de l’actuelle Turquie. De petites quantités de seigle ont été retrouvées dans un grand nombre de sites néolithiques.
Le seigle a été cultivé par les Celtes et les Germains. C’est à partir du Moyen Âge qu’il a été largement cultivé en Europe centrale et orientale. Il servait comme principale céréale panifiable dans la plupart des régions franco-allemandes et en Hongrie.
Aujourd’hui encore le seigle est la principale céréale dans certains pays d’Europe, où le pain de seigle est l’aliment de base. La Russie est le premier producteur mondial de seigle.